Tedavisi TMS beynin dışarıdan manyetik alan ile uyarılması esasına dayanır. Bu uyarım manyetik koil (başlık) denen bir cihaz ile gerçekleştirilir. Manyetik koiller değişik şekillerde olabilirse de en fazla 8 şeklinde olanlar tercih edilmektedir. Başa yaklaştırılan bu koil içinde yönü aniden değiştirilen yüksek şiddetteki bir elektrik akımının yardımı ile manyetik bir alan oluşturulur.
TMS yeni bir yöntemdir ve yoğun olarak araştırılmaktadır. Bu yüzden sinir sisteminin çok çeşitli hastalıklarında denenmektedir.
Buna göre TMS tedavisini etkili durumları madde madde sıralayabiliriz .
Kanıt A düzeyinde etkinlik:
- Sinir sistemi kaynaklı ağrılarda ağrılı tarafında karşı tarafındaki beyin bölümüne (motoro korteks) uygulanan yüksek frekanslı TMS ağrıyı azaltmada etkili olabilir.
- Sol beyin bölümüne (dorsolateral prefrontal korteks) uygulanan yüksek frekanslı TMS tedavisi ilaca dirençli depresyon vakalarında etkili olabilir.
- Akut dönem sonrası felçli tarafın karşı tarafındaki beyin bölgesine (motor korteks) uygulanan alçak frekanslı TMS tedavisi felç sonrası el fonksiyonlarını iyileştirmede etkili olabilir.
Kanıt B düzeyi etkinlik:
- Sol beyinde ilgili bölüme (dorsolateral prefrontal korteks) uygulanan yüksek frekanslı TMS fibromiyalji hastalarında yaşam kalitesini artırmada ve ağrıyı azaltmada etkili olabilir.
- İki taraflı olarak motor korteks yada dorsolateral prefrontal kortekse ugulanan yüksek frekanslı TMS Parkinson hastalarında hareket bozukluğunda ve depresyonda etkili olabilir.
- Multipl skleroz hastalarında aralıklı uygulanan TMS (intermittent theta burst uyarım) bacaklarda oluşan kas gergnliğini (spastisite) azaltmada etkili olabilir.
- Sağ beyin bölümüne (inferior frontal girus-sol beyin yarımkürede bulunan konuşma merkezinin karşılığı) uygulanan alçak frekanslı TMS tedavisi inme sonrası gelişen konuşma bozukluklarının bazı tiplerinin (nonfleuent afazi) tedavisinde etkili
olabilir.
TMS yukarıda sayolan hastalıklar dışında da bir çok farklı rahatsızlıkta kullanılmaktadır. Kanıt C ve D düzeyindeki sonuçlar buraya alınmamış olup TMS halen birçok nörolojik hastalıkta denenmektedir. A ve B düzeyinde kanıtlar ortaya çıktıkça bu listeye yeni hastalıkların eklenmesi çok muhtemeldir.