Sağlıklı bir sindirim sistemi ve sağlıklı bir vücut için, bağırsaklarda “sindirim sistemi mikrobiyotası “olarak adlandırılan yararlı (iyi) bakterilerin bulunması gereklidir. İnsan sindirim kanalında 400’den fazla çeşidi olan 100 trilyon civarında canlı bakteri yaşamaktadır. Çoğu iyi huylu bakteridir. Bu iyi huylu bakteriler az miktarda olan kötü huylu bakterileri kontrol altında tutar, bunlardan açığa çıkan toksinleri salgıladığı birtakım kimyasal maddeler ile parçalar ve zararsız hale getirir, kötü huylu bakteriler ile savaşmada bağışıklık sistemine yardım eder. İyi ve kötü huylu bakteriler arasındaki denge bozulduğunda sindirim sisteminde rahatsızlıklar ve hastalıklar görülür. Gerekli gereksiz antibiyotik kullanımı; mikrobik bağırsak enfeksiyonları sonrası bazen de reflü veya gastritli hastalarda olduğu gibi çok uzun süreli asit bloke eden ilaçların kullanılması, yer değişikliği, beklemiş ve bozuk gıdaların tüketilmesi, hazır ve dondurulmuş gıdaların fazla tüketilmesi iyi huylu bakterilerin azalmasına kötü huylu olanların çoğalmasına yol açar. En sık görülen şikayet gaz ve şişkinliktir. Bunun yanında bazen spasm tarzında olan karın ağrısı, kabızlık, ishal, bulantı, kusma aşırı geğirme ve veya yellenme de sık görülür. Şikâyetler çoğu kez ataklar halinde alevlenme gösterir, günlük aktivite ve yaşam kalitesini düşürür, iş, okul ve sosyal aktiviteler kronik hastalıklardan daha fazla bozulur. Amerika birleşik devletlerinde her yıl 60-70 milyon hasta bu şikâyetler ile hastaneye başvurmakta, tanı ve tedavi giderleri için 125 milyon dolar sağlık harcaması yapılmaktadır. Ülkemizde bu konuda sağlıklı bir veri olmasa da gastroenteroloji polikliniklerine başvuran her 3-4 hastadan biri gaz şişkinlik şikayeti ile başvurmakta ve kanser endişesi ile hastalar doktor doktor dolaşarak problemine çözüm aramaktadır. Çoğu kez her gittiği doktor mide ve bağırsağa endoskopi ile bakmakta ve elinde 8-10 adet gastroskopi ve kolonoskopi raporu bulunmaktadır. Sonuçta bir yandan hastanın iş, okul, sosyal aktiviteleri ve yaşam kalitesi bozulmakta, diğer yandan ciddi iş gücü kaybı yaşanmakta ve sağlık giderleri artmaktadır. Sindirim sistemi mikrobiyotasının bozulması en sık irritabl bağırsak sendromu (İBS), antibiyotikle ilişkili diyare, inflamatuvar bağırsak hastalıkları (İBH: Ülseratif kolit, Crohn hastalığı), laktoz intoleransında görülür.
Bozulan bağırsak mikrobiyotasını düzeltmek iyi huylu canlı bakterileri içeren yiyecek ve içeceklerin tüketilmesi ile mümkün olur. İyi huylu canlı mikroorganizmaları içeren bu yiyecek ve içecekler “PROBİYOTİK” olarak adlandırılır. Bilinen en eski probiyotik geleneksel mayalama yöntemi ile yapılan ev yoğurdudur. Pastorizasyon yöntemi ile yapılan ticari yoğurtlarda iyi huylu canlı bakteriler pastörizasyon ile öldüğü için probiyotik etkileri yoktur. Yoğurtta 100 milyon canlı bakteri vardır, ancak iyi huylu bakteri çeşidi bir tane ile sınırlıdır. Atalarımızın geleneksel içeceği olan “KEFİR” ise 10 dan fazla iyi huylu canlı bakteri türü içerir ve 1 mililitresinde 7-10 milyon canlı bakteri vardır. Bir su bardağı kefir içildiğinde 1.5 trilyon iyi huylu canlı bakteri sindirim sistemine girmiş olur. Her gün içilecek 1 bardak kefir ile sindirim sistemi mikrobiyotasının düzeltilmesi; İBS de şikayetleri büyük oranda azaltır, İBH da esas tedaviye yardımcı ve destek olur, laktoz intoleransı laktozsuz diyete daha iyi cevap verir; midede gastrit ve ülsere yol açan Hekilobakter pylorinin tedavisine ek olarak kulanıldığında bakterinini temizlenme oranı artar. Canlı bakterilerin tüketilmesi birtakım özel durumlar dışında oldukça güvenlidir. Kanser nedeni ile kemoterapi alan hastalarda, bağışıklık sistemi ciddi baskı altında olanlarda, ciddi kronik yandaş hastalığı olanlarda nadiren sepsis(mikrobun kana karışması), endokardit(kalp kapak iltihabı), karaciğer apsesi ve mantar enfeksiyonlarına yol açabilir. Bu yönden dikkatli olmak gerekir.