Yapılan araştırmalarda TMS tedavisinin migrenin kaynağı nöronal aşırı duyarlılığı ortadan kaldırdığı böylece migren krizlerine son verdiği kanıtlanmıştır.
Migren değişen aralıklarla gelen ve şiddetli ağrılarla karakterize bir baş ağrısı hastalığıdır. Bu baş ağrısı bazen üç gün kadar sürebilir. Migren ağrısından çeşitli mekanizmalar sorumlu olmakla beraber nöronlarda ki aşırı hassasiyetin başlıca sebep olduğu bilinmektedir Transkranial Manyetik Stimülasyonun (TMU) migren ağrısından sorumlu olan nöronal aşırı duyarlılığı ortadan kaldırdığı böylece migren krizlerine son verdiği son zamanlarda yapılan bir çok bilimsel araştırma ile kanıtlandığı gibi TMU uygulamasının, kriz esnasında ağrıyı geçirdiği, aralıklarla uygulandığında ise ağrı nöbetlerinin gelmesini de önlediği gözlenmiştir.
Migren ataklarının tedavisinde en çok triptanlar kullanılmaktadır. Hâlbuki triptanlar, migrenli hastaların yüzde 40’ında etkisiz kalmaktadır. Ayrıca bu ilaçların kardiovasküler yan etkileri de mevcuttur. TMU tedavisi bu alanda çok güvenilir ve yan etkisi olmayan bir uygulamadır. Vücuda verdiği manyetik enerji çok düşük olup, MRI çekimlerinin binde biri kadardır. Migren hastalığı, en çok aralıklarla gelen gerilim baş ağrısı tabloları ile karışmaktadır. Gerilim baş ağrılarında gerek triptanların gerekse diğer atak önleyici ilaçların hiçbir etkisi olmaz ve işe yaramazlar. Hâlbuki TMU hem migren den hem de gerilim baş ağrısından kaynaklanan ağrı ataklarının her ikisini de ortadan kaldırmaktadır. Diğer taraftan migren ağrısı iyice yerleştiği ve arttığı durumlarda atak önleyici ilaçların pek faydası olmamakta, kişi ağrının dinmesini büyük ıstıraplar içinde günlerce beklemektedir. İlaçlara cevap vermeyen böyle migren ağrılarında da TMU, ağrıları yatıştırıcı rol oynamaktadır. Başta Ohio olmak üzere pek çok üniversite de TMU’nun migren üzerindeki etkilerini araştıran çalışmalar yapılmış ve yukarda anlattığımız durumları destekleyen sonuçlar elde edilmiştir. Ayrıca daha önce Depresyon tedavisinde FDA onayı alan TMU tedavisi, 2007 senesinde migren tedavisi için de FDA onayı almıştır.”